Das Kunstmuseum Thun zeigt jährlich vier Wechselausstellungen vorwiegend nationale und internationale zeitgenössische Kunst, verbindet es oft mit interdisziplinären Porjekten. Neben thematisch und monografisch ausgerichteten Sonderausstellungen wird pro Jahr eine Sammlungsausstellung eingerichtet, die einen Teil der reichen Bestände unter einem besonderen Blickwinkel präsentiert.
Die Vermittlungsarbeit ist im Kunstmuseum Thun ein wichtiger Punkt, durch das Angebot sollen die ausgestellten Thematiken und Kunstwerke einem interessierten Publikum näher gebracht werden. Im Rahmen der Ausstellung werden beispielsweise besonders für Kinder Workshops angeboten oder Führen für Erwachsene, speziell auch mit Gebärdendolmetscherinnen, entwickelt. Das Kunstmuseum ist zudem Ort der Auseinandersetzung und Impulsgebung: Werkgespräche, Diskussionen und Vorträge ergänzen das Ausstellungsprogramm.